Guybrush está terminando de pasar su luna de miel con Elaine cuando regresan a la Isla Melee y sienten que todo ha cambiado por allí.

Descubren que Elaine ha sido declarada muerta y que se han llamado nuevas elecciones, por lo que están demoliendo la Mansión del Gobernador. Por esto Guybrush deberá ir a la Isla Lucro a buscar las escrituras de la mansión y a hablar con los abogados de Elaine.

Luego de varios problemas en la Isla Lucro regresa a la Isla Melee, solamente para descubrir que necesita ir a la Isla Jambalaya para encontrar un poderosísimo talismán vudú.

Luego, vuelve a la Isla Melee solamente para encontrarse con LeChuck, que junto con Kangu Mandril se encargará de enviar a Guybrush a un lugar donde no interfiera con sus planes: Monkey Island.

Finalmente, Guybrush escapa de Monkey Island y vuelve a la Isla Melee para derrotar a LeChuck.